نقش منگنز در گياه، مشاركت در سيستمهاي تركيبي است. به عنوان مثال اين عنصر جزيي از سيستم آنزيمي آرژينار و فسفوترانسفراز شناخته شده است. منگنز در واكنشهاي انتقال الكترون در گياه دخيل بوده و در توليد كلروفيل نيز نقش دارد. این عنصر همچنین در فعال كردن چندين آنزيم مختلف در گياه که افزايش دهنده فتوسنتز و هورمون اكسين هستند موثر میباشد. غالبا كمبود منگنز با كمبود آهن اشتباه شده چون علائم آن بسيار مشابه میباشد.
بخش عمده منگنز در برگ ها و ساقه وجود داشته و مقدار آن در دانه گیاهان ناچيز است. منگنز با عنصر آهن داراي اثر متقابل بوده و وجود مقادير زياد آن در خاك ميتواند جذب و مصرف آهن توسط گياه را تحت تاثير قرار دهد. همين موضوع (يعني كمبود آهن توسط منگنز) باعث تشديد مشكلات ناشي از سميّت منگنـز در گياه ميگردد. کمبود منگنز معمولا در خاك هاي آلي و خاكهاي داراي واكنش قليايي ديده ميشود. باریک و ضعیف شدن برگ ها و گاها مشاهده لکههایی بر روی آن از علائم کمبود منگنز در گیاه میباشد.
